使用目的不同：生物安全實驗（experiment)室是為了保護(hù)操作者和實驗（experiment)室外的人員不受感染。實驗室建設(shè)實驗室布局按照安全要求合理地劃分成清潔區(qū)、半污染區(qū)和污染區(qū)，采用人與物分別設(shè)置專用通道，設(shè)置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴(kuò)散。實驗室凈化無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環(huán)境。生物安全控制（control)。普通潔凈實驗室是為了保護(hù)產(chǎn)品不受污染。室內(nèi)環(huán)境控制（control)。
實現(xiàn)方法不同：生物安全實驗（experiment)室相對大氣為負(fù)壓，對室內(nèi)壓力及相鄰房間的壓力梯度嚴(yán)格控制（control)，控制（control)室內(nèi)氣流流向。采用全新風(fēng)送風(fēng)，排風(fēng)及送風(fēng)均采用雙風(fēng)機(jī)(Draught Fan)系統(tǒng)，一用一備，自動投入運行。排風(fēng)系統(tǒng)要加HAPE過濾器(作用:過濾雜質(zhì)等)。自控要求較高。普通潔凈實驗（experiment)室相對大氣為正壓且壓力差值較小，對室內(nèi)壓力及相鄰房間的壓力梯度控制要求較低。一般采用新風(fēng)+回風(fēng)的送風(fēng)系統(tǒng)，送風(fēng)及排風(fēng)系統(tǒng)均不用風(fēng)機(jī)(Draught Fan)。排風(fēng)系統(tǒng)不加HAPE過濾器(作用:過濾雜質(zhì)等)。自控要求相對較低。
運行模式不同：生物安全實驗（experiment)室的運行模式一般有正常運行模式、值班運行模式、消毒運行模式；根據(jù)實驗（experiment)室使用方式及消毒方法的不同，對室內(nèi)的條件控制（control)及風(fēng)量(定義:單位時間內(nèi)空氣的流通量)控制（control)有所不同。潔凈實驗室由于潔凈實驗室-生物安全實驗室內(nèi)操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)，保持潔凈實驗室-生物安全實驗室的相對負(fù)壓環(huán)境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內(nèi)危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴(kuò)散。一般潔凈實驗室的運行模式一般僅有正常運行模式，要求條件高的項目才會有值班運行模式，一般不會考慮（consider)消毒運行模式。